Informazioni su questo esperimento
Segui la relazione tra il DNA codificante, il suo filamento stampo complementare, un trascritto di RNA e un polipeptide. Trascrivi una base alla volta, poi lascia che una finestra ribosomiale elabori codoni completi. La cornice scelta rende esplicito il raggruppamento in triplette e un codone di stop interrompe la decodifica senza aggiungere un amminoacido.
Obiettivi di apprendimento
- Distingui il DNA codificante dal filamento stampo usato per la trascrizione.
- Raggruppa un trascritto in triplette in una cornice di lettura specificata.
- Distingui un segnale di stop da un residuo amminoacidico.
Come si usa
- 1Trascrivi alcune basi e confronta l’mRNA con il DNA codificante e il filamento stampo.
- 2Completa la trascrizione, poi decodifica i codoni uno per uno osservando la crescita della proteina.
- 3Raggiungi il codone di stop predefinito e conta gli amminoacidi separatamente dai codoni decodificati.
- 4Cambia la cornice di lettura oppure applica un’altra breve sequenza e confronta i risultati della ricerca.
Il modello
Ipotesi
- L’input è una sequenza di DNA codificante priva di introni, scritta da 5′ a 3′. Il filamento stampo allineato è il suo complementare, scritto da 3′ a 5′; l’mRNA corrisponde al DNA codificante, con U al posto di T.
- Viene utilizzato il codice genetico standard della tabella 1 di NCBI. La ricerca inizia nella cornice selezionata, senza cercare un codone di inizio. Il primo UAA, UAG o UGA nella cornice interrompe la decodifica.
- I codoni terminali incompleti non vengono tradotti. Sono esclusi il processamento dell’RNA, il macchinario di inizio, i codici genetici alternativi, il ripiegamento delle proteine e la regolazione dell’espressione. La velocità operativa è un controllo di visualizzazione, non una previsione della velocità cellulare.
Provalo in classe
- Q1Perché la sequenza del filamento stampo differisce dall’mRNA, mentre il DNA codificante gli corrisponde quasi perfettamente?
- Q2Perché uno spostamento della cornice di lettura può cambiare tutti i codoni successivi?
Domande frequenti
Questo permette di prevedere se una cellula reale esprime la sequenza inserita?
No. Determina la corrispondenza di trascrizione e cerca i codoni, senza modellare l’inizio o la regolazione.
Perché il codone di stop aumenta il conteggio dei codoni decodificati, ma non la lunghezza della proteina?
È un segnale di rilascio e non contribuisce alcun residuo di amminoacido.