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Transcription et traduction

LycéeBiologieTranscription du brin codant et décodage selon le code génétique standard dans un cadre de lecture choisi, avec arrêt au premier codon stop dans le cadre

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À propos de cette expérience

Suivez la relation entre l’ADN codant, son brin matrice complémentaire, un transcrit d’ARN et un polypeptide. Transcrivez une base à la fois, puis laissez une fenêtre ribosomique traiter des codons complets. Le cadre choisi rend explicite le regroupement en triplets, et un codon stop met fin au décodage sans ajouter d’acide aminé.

Objectifs pédagogiques

  • Distinguez l’ADN codant du brin matrice utilisé pour la transcription.
  • Regroupez un transcrit en triplets dans un cadre de lecture spécifié.
  • Distinguez un signal d’arrêt d’un résidu d’acide aminé.

Comment l’utiliser

  1. 1Transcrivez quelques bases et comparez l’ARNm à l’ADN codant et au brin matrice.
  2. 2Terminez la transcription, puis décodez les codons un par un tout en observant la croissance de la protéine.
  3. 3Atteignez le codon stop par défaut et comptez les acides aminés séparément des codons décodés.
  4. 4Changez de cadre de lecture ou appliquez une autre séquence courte, puis comparez les produits obtenus par la recherche.

Le modèle

Correspondance de transcription du brin codant
Positions des triplets dans un cadre de lecture sélectionné

Hypothèses

  • L’entrée est une séquence d’ADN codant sans introns, écrite de 5′ vers 3′. Le brin matrice aligné est son complément, écrit de 3′ vers 5′ ; l’ARNm correspond à l’ADN codant, avec U à la place de T.
  • Le code génétique standard de la table 1 du NCBI est utilisé. La recherche commence au cadre sélectionné, sans chercher de codon d’initiation. Le premier UAA, UAG ou UGA dans le cadre arrête le décodage.
  • Les codons terminaux incomplets ne sont pas traduits. La maturation de l’ARN, le mécanisme d’initiation, les codes génétiques alternatifs, le repliement des protéines et la régulation de l’expression sont exclus. La vitesse d’exécution est un réglage d’affichage, et non une prédiction de la vitesse cellulaire.

À essayer en classe

  1. Q1Pourquoi la séquence du brin matrice diffère-t-elle de l’ARNm, alors que l’ADN codant lui correspond presque ?
  2. Q2Pourquoi un décalage du cadre de lecture peut-il modifier tous les codons suivants ?

Foire aux questions

Cela permet-il de prédire si une cellule réelle exprime la séquence saisie ?

Non. L’outil établit la correspondance de transcription et recherche les codons, sans modéliser l’initiation ni la régulation.

Pourquoi le codon stop augmente-t-il le nombre de codons décodés, mais pas la longueur de la protéine ?

C’est un signal de libération qui ne contribue aucun résidu d’acide aminé.