この実験について
コーディングDNA、その相補的な鋳型、RNA転写産物、ポリペプチドの関係をたどります。塩基を1つずつ転写し、リボソームのウィンドウで完全なコドンを読み取ります。選択したフレームによって3塩基ごとの区切りが明確になり、終止コドンが現れると、アミノ酸を追加せずに解読が終了します。
学習目標
- コーディングDNAと、転写に使われる鋳型DNAを区別する。
- 転写産物を、指定した読み枠で3塩基ずつに区切る。
- 終止シグナルとアミノ酸残基を区別する。
使い方
- 1いくつかの塩基を転写し、mRNAをコーディングDNAおよび鋳型DNAと比較する。
- 2転写を完了し、タンパク質が伸長する様子を見ながら、コドンを1つずつ解読します。
- 3標準の終止コドンまで進み、アミノ酸の数と解読したコドンの数を別々に数えます。
- 4読み枠を変更するか、別の短い配列を適用して、照合結果を比較します。
モデル
前提条件
- 入力は、イントロンを含まない5′から3′方向に記載されたコードDNA配列です。対応する鋳型鎖は相補的な配列で、3′から5′方向に記載されます。mRNAは、TがUに置き換わる点を除き、コードDNAと同じ配列です。
- 標準的なNCBI遺伝暗号表1を使用します。照合は開始コドンを検索せず、選択した読み枠から始まります。読み枠内で最初に現れるUAA、UAG、またはUGAで解読を停止します。
- 末端の不完全なコドンは翻訳されません。RNAプロセシング、翻訳開始機構、代替遺伝暗号、タンパク質のフォールディング、および発現調節は対象外です。動作速度は表示を制御するものであり、細胞内の速度を予測するものではありません。
授業で試してみましょう
- Q1鋳型配列はmRNAと異なるのに、コードDNAはなぜmRNAとほぼ同じ配列なのですか？
- Q2読み枠をずらすと、その後のコドンがすべて変わることがあるのはなぜですか？
よくある質問
これによって、入力した配列が実際の細胞で発現するかどうかを予測できますか？
いいえ。開始や調節をモデル化せず、転写対応とコドンの検索を行います。
なぜ終止コドンは解読されたコドン数を増やすのに、タンパク質の長さには影響しないのですか？
終止コドンは翻訳終結のシグナルであり、アミノ酸残基にはなりません。