关于此实验
了解编码 DNA、与其互补的模板、RNA 转录本和多肽之间的关系。一次转录一个碱基，然后让核糖体窗口读取完整的密码子。所选阅读框明确了三联体的分组方式；遇到终止密码子时，解码随即结束，且不会添加氨基酸。
学习目标
- 区分编码 DNA 和用于转录的模板 DNA。
- 按照指定的阅读框，将转录本分成三联体。
- 区分终止信号和氨基酸残基。
使用方法
- 1转录几个碱基，并比较 mRNA 与编码 DNA 和模板 DNA。
- 2完成转录，然后观察蛋白质逐渐延长，同时逐个解码密码子。
- 3到达默认终止密码子，并分别统计氨基酸和已解码的密码子。
- 4更改阅读框，或应用另一段较短的序列，并比较查询结果。
模型
假设
- 输入是不含内含子的编码DNA序列，按5′到3′方向书写。与其对齐的模板链为互补序列，按3′到5′方向书写；mRNA与编码DNA相同，只是以U替代T。
- 使用标准NCBI遗传密码表1。查询从选定的阅读框开始，而不是搜索起始密码子。遇到阅读框内第一个UAA、UAG或UGA时停止解码。
- 末端不完整的密码子不会被翻译。此处不涉及RNA加工、起始机制、替代遗传密码、蛋白质折叠和表达调控。运行速率只是显示控制项，并非对细胞内速率的预测。
在课堂上试试这个实验
- Q1为什么模板序列与mRNA不同，而编码DNA却几乎与mRNA相同？
- Q2为什么改变阅读框会使后续的每个密码子都可能发生变化？
常见问题
这能预测输入的序列是否会在真实细胞中表达吗？
不能。它只进行转录对应和密码子查询，不对起始或调控进行建模。
为什么终止密码子会增加解码出的密码子数量，却不增加蛋白质长度？
它是释放信号，不会形成氨基酸残基。