이 실험 소개
코딩 DNA, 그에 상보적인 주형, RNA 전사체, 폴리펩타이드 사이의 관계를 살펴봅니다. 염기를 한 번에 하나씩 전사한 다음, 리보솜 창이 완전한 코돈을 읽어 들이도록 합니다. 선택한 프레임을 통해 세 염기씩 묶이는 방식이 명확해지며, 종결 코돈이 나오면 아미노산을 추가하지 않고 해독이 끝납니다.
학습 목표
- 코딩 DNA와 전사에 사용되는 주형 DNA를 구분합니다.
- 지정된 읽기 프레임에 따라 전사체를 세 염기씩 묶습니다.
- 종결 신호와 아미노산 잔기를 구분합니다.
사용 방법
- 1몇 개의 염기를 전사하고 mRNA를 코딩 DNA 및 주형 DNA와 비교합니다.
- 2전사를 완료한 다음, 단백질이 자라나는 모습을 보면서 코돈을 하나씩 해독하세요.
- 3기본 종결 코돈에 도달하고, 아미노산 수와 해독된 코돈 수를 따로 세세요.
- 4읽기 틀을 바꾸거나 다른 짧은 서열을 적용해 조회 결과를 비교하세요.
모델
가정
- 입력은 인트론이 없는 암호화 DNA 서열이며 5′에서 3′ 방향으로 표기됩니다. 이에 정렬된 주형 가닥은 상보적이며 3′에서 5′ 방향으로 표기됩니다. mRNA는 T가 U로 바뀐다는 점을 제외하면 암호화 DNA와 일치합니다.
- 표준 NCBI 유전 암호표 1을 사용합니다. 조회는 개시 코돈을 검색하지 않고 선택한 읽기 틀에서 시작합니다. 읽기 틀에서 처음 만나는 UAA, UAG 또는 UGA에서 해독을 중단합니다.
- 끝부분의 불완전한 코돈은 번역되지 않습니다. RNA 가공, 개시 기구, 대체 유전 암호, 단백질 접힘 및 발현 조절은 고려하지 않습니다. 작동 속도는 화면 표시를 제어하는 설정일 뿐, 세포 내 속도를 예측하는 값이 아닙니다.
수업에서 해 보기
- Q1주형 서열은 mRNA와 다른데 암호화 DNA는 왜 mRNA와 거의 일치하나요?
- Q2읽기 틀을 바꾸면 이후의 모든 코돈이 달라질 수 있는 이유는 무엇인가요?
자주 묻는 질문
이것으로 입력한 서열이 실제 세포에서 발현되는지 예측할 수 있나요?
아니요. 개시나 조절을 모델링하지 않고 전사 대응과 코돈 조회를 수행합니다.
종결 코돈은 왜 해독된 코돈 수를 늘리지만 단백질 길이에는 영향을 주지 않나요?
종결 코돈은 방출 신호이며 아미노산 잔기를 구성하지 않습니다.