關於此實驗
用一段較短的 DNA 序列建構雙螺旋，檢視個別鹼基對，並將兩條鏈分開。序列決定 GC 含量和理想化的氫鍵數量，而幾何扭轉則控制螺旋的繪製。互補鏈以相反的化學方向顯示。
學習目標
- 在反向平行的鏈上，A 與 T 配對，C 與 G 配對。
- 了解 GC 含量與簡單氫鍵計數之間的關係。
- 區分幾何螺旋參數與分子能量計算。
使用方法
- 1在三維空間中選取多個鹼基對，並比較它們的配對鹼基。
- 2套用另一條由 6 到 24 個鹼基組成的序列，並檢視其互補序列。
- 3解開螺旋，並比較配對鹼基數和氫鍵數。
- 4更改每圈的鹼基對數，然後記錄輪廓長度和 GC 含量。
模型
假設
- 此序列表示一條從 5′ 到 3′ 的鏈；與之對齊的互補鏈則從 3′ 到 5′ 延伸。僅接受標準 DNA 鹼基。
- 軸向上升量固定為每個鹼基對 0.34 nm。扭轉度是以每圈約 10.5 個鹼基對的 B-DNA 為參考的幾何調整參數。
- A-T 鹼基對計為兩個氫鍵，G-C 鹼基對計為三個。此計數並非結合能或熔解溫度模型；它不考慮鹼基堆疊、溶劑和離子條件。
在課堂上試試這個實驗
- Q1為什麼顯示的互補鏈兩端標籤相反？
- Q2為什麼僅憑氫鍵數量不足以預測熔解溫度？
常見問題
改變扭轉度能模擬 DNA 超螺旋嗎？
不能。它會依照選定的角度週期重新繪製螺旋，但不會求解彈性或拓撲結構。
解鏈會移除核苷酸嗎？
不會。它會分開互補鹼基，同時保留兩條親代骨架。