关于此实验
用一段较短的 DNA 序列构建双螺旋，检查单个碱基对，并将两条链分开。序列决定 GC 含量和理想化的氢键数量，而几何扭转控制螺旋的绘制。互补链以相反的化学方向显示。
学习目标
- 在反向平行的链上，A 与 T 配对，C 与 G 配对。
- 了解 GC 含量与简单氢键计数之间的关系。
- 区分几何螺旋参数与分子能量计算。
使用方法
- 1在三维空间中选择多个碱基对，并比较它们的配对碱基。
- 2应用另一条由 6 到 24 个碱基组成的序列，并查看其互补序列。
- 3解开螺旋，并比较配对碱基数和氢键数。
- 4更改每圈的碱基对数，然后记录轮廓长度和 GC 含量。
模型
假设
- 该序列表示一条从 5′ 到 3′ 的链；与之对齐的互补链则从 3′ 到 5′ 延伸。仅接受标准 DNA 碱基。
- 轴向升高量固定为每个碱基对 0.34 nm。扭转度是以每圈约 10.5 个碱基对的 B-DNA 为参考的几何调节参数。
- A-T 碱基对计为两个氢键，G-C 碱基对计为三个。此计数并非结合能或熔解温度模型；它不考虑碱基堆积、溶剂和离子条件。
在课堂上试试这个实验
- Q1为什么显示的互补链两端标签相反？
- Q2为什么仅凭氢键数量不足以预测熔解温度？
常见问题
改变扭转度能模拟 DNA 超螺旋吗？
不能。它会按选定的角度周期重新绘制螺旋，但不会求解弹性或拓扑结构。
解链会移除核苷酸吗？
不会。它会分开互补碱基，同时保留两条亲代骨架。