Informazioni su questo esperimento
Costruisci un’elica a partire da una breve sequenza di DNA, esamina le singole coppie di basi e separa i filamenti. La sequenza determina il contenuto di GC e il conteggio idealizzato dei legami a idrogeno, mentre la torsione geometrica controlla la rappresentazione dell’elica. Il filamento complementare viene visualizzato nella direzione chimica opposta.
Obiettivi di apprendimento
- Appaia A con T e C con G su filamenti antiparalleli.
- Metti in relazione il contenuto di GC con un semplice conteggio dei legami a idrogeno.
- Distingui i parametri geometrici dell’elica da un calcolo dell’energia molecolare.
Come si usa
- 1Seleziona diverse coppie di basi in tre dimensioni e confronta i rispettivi partner.
- 2Applica un’altra sequenza da sei a ventiquattro basi ed esamina il suo complementare.
- 3Svolgi l’elica e confronta il numero di coppie di basi e quello dei legami.
- 4Modifica il numero di coppie di basi per giro, quindi annota la lunghezza del contorno e il contenuto di GC.
Il modello
Ipotesi
- La sequenza descrive un filamento da 5′ a 3′; il filamento complementare allineato procede da 3′ a 5′. Sono accettate solo basi standard del DNA.
- L’avanzamento assiale è fissato a 0,34 nm per coppia di basi. La torsione è un parametro geometrico rispetto a un riferimento di DNA-B di circa 10,5 coppie per giro.
- Le coppie A-T contano come due legami a idrogeno e le G-C come tre. Questo conteggio non è un modello dell’energia di legame né della temperatura di fusione; esclude l’impilamento e le condizioni del solvente e degli ioni.
Provalo in classe
- Q1Perché le etichette delle estremità del complementare visualizzato devono essere opposte?
- Q2Perché il solo conteggio dei legami a idrogeno non basta a prevedere la temperatura di fusione?
Domande frequenti
Modificare la torsione simula il superavvolgimento del DNA?
No. Ridisegna un’elica con una ripetizione angolare scelta, senza calcolare elasticità o topologia.
Lo svolgimento rimuove nucleotidi?
No. Separa le basi complementari mantenendo entrambi gli scheletri parentali.