À propos de cette expérience
Construisez une hélice à partir d’une courte séquence d’ADN, examinez des paires de bases individuelles et séparez les brins. La séquence détermine la teneur en GC et le nombre idéalisé de liaisons hydrogène, tandis que la torsion géométrique régit la représentation de l’hélice. Le brin complémentaire est affiché dans le sens chimique opposé.
Objectifs pédagogiques
- Appariez A avec T et C avec G sur des brins antiparallèles.
- Mettez en relation la teneur en GC et un simple décompte des liaisons hydrogène.
- Distinguez les paramètres géométriques de l’hélice d’un calcul d’énergie moléculaire.
Comment l’utiliser
- 1Sélectionnez plusieurs paires de bases en trois dimensions et comparez leurs partenaires.
- 2Utilisez une autre séquence de six à vingt-quatre bases et examinez son complément.
- 3Dézippez l’hélice et comparez le nombre de paires de bases et le nombre de liaisons.
- 4Modifiez le nombre de paires de bases par tour, puis notez la longueur du contour et la teneur en GC.
Le modèle
Hypothèses
- La séquence décrit un brin de 5′ à 3′ ; le brin complémentaire aligné va de 3′ à 5′. Seules les bases d’ADN standard sont acceptées.
- L’élévation axiale est fixée à 0,34 nm par paire de bases. La torsion est un paramètre géométrique défini par rapport à une référence d’ADN-B d’environ 10,5 paires par tour.
- Les paires A-T comptent pour deux liaisons hydrogène et les paires G-C pour trois. Ce décompte ne constitue pas un modèle de l’énergie de liaison ni de la température de fusion ; l’empilement ainsi que les conditions liées au solvant et aux ions sont exclus.
À essayer en classe
- Q1Pourquoi les extrémités affichées du brin complémentaire doivent-elles porter des étiquettes opposées ?
- Q2Pourquoi le seul nombre de liaisons hydrogène ne suffit-il pas à prédire la température de fusion ?
Foire aux questions
Modifier la torsion simule-t-il le surenroulement de l’ADN ?
Non. Cela redessine une hélice avec une répétition angulaire choisie, sans résoudre l’élasticité ni la topologie.
Le déroulement élimine-t-il des nucléotides ?
Non. Il sépare les bases complémentaires tout en conservant les deux squelettes parentaux.