Italiano

Elettroforesi su gel

Scuola secondaria di secondo gradoBiologiaCalibrazione illustrativa della migrazione nell’agarosio in funzione del logaritmo delle dimensioni, con polarità, dispersione delle bande, fuoriuscita dal gel e regressione basata sulle bande visibili del marcatore per stimare le dimensioni

Sblocca questo laboratorio con un pass

Un pass dà accesso a tutte le simulazioni del sito, compresa la modalità Presentazione per le lezioni. I materiali didattici qui sotto restano gratuiti per tutti.

Vedi i passHo già un pass

Pagamento una tantum, nessun abbonamento.

Informazioni su questo esperimento

Carica diverse miscele di frammenti di DNA in un gel e segui la loro separazione. Usa la scala delle dimensioni come riferimento di misurazione invece di leggere le etichette nascoste dei campioni. Confronta polarità, tempo di corsa e concentrazione del gel, quindi esamina perché frammenti molto ravvicinati possono sovrapporsi o uscire dal gel.

Obiettivi di apprendimento

  • Metti in relazione i frammenti di DNA più piccoli con una migrazione più lontana in avanti.
  • Stima la dimensione dei frammenti usando una calibrazione della scala delle dimensioni logaritmica.
  • Esamina la polarità, un tempo di corsa eccessivo e una separazione limitata delle bande.

Come si usa

  1. 1Carica la corsia selezionata con le dimensioni dei frammenti separate da virgole e accendi l’alimentazione.
  2. 2Esegui la corsa per trenta minuti simulati e confronta le bande dei campioni con la scala.
  3. 3Carica campioni sconosciuti, fai clic su una banda del campione ed esamina la stima delle dimensioni basata sulla scala.
  4. 4Confronta la polarità invertita, una maggiore concentrazione del gel e una corsa più lunga; registra le bande che escono dal gel.

Il modello

Posizione di migrazione prestabilita in centimetri
Calibrazione inversa del ladder visibile

Ipotesi

  • Il DNA è caricato negativamente e si muove verso l’elettrodo positivo. Il gel è lungo 8 cm e i pozzetti si trovano a 0,6 cm; la tensione selezionata è normalizzata rispetto a un riferimento di 100 V.
  • La posizione della banda segue una relazione lineare prestabilita con il log10 del numero di coppie di basi, la tensione, il tempo e la concentrazione del gel elevata a 0,8. Questa calibrazione è illustrativa e non costituisce una previsione di un protocollo sperimentale.
  • La dispersione delle bande è una stima della larghezza gaussiana che aumenta nel tempo. Le intensità sono marcatori a falsi colori senza un modello della massa del DNA. La stima delle dimensioni adatta la posizione rispetto al logaritmo della dimensione usando almeno due bande visibili del marker; le bande fuori dal gel sono escluse e l’interpolazione è limitata all’intervallo visibile del marker.

Provalo in classe

  1. Q1Perché frammenti di dimensioni molto simili possono rimanere irrisolti nonostante posizioni esatte diverse?
  2. Q2Perché una corsa più lunga può ridurre l’utilità del ladder di dimensioni?

Domande frequenti

Le dimensioni nascoste dei campioni vengono indovinate da un modello di IA?

No. Una regressione deterministica usa le dimensioni e le posizioni note delle bande visibili del ladder.

Perché la stima delle dimensioni scompare prima dell’avvio della corsa o dopo che tutte le bande del ladder sono uscite dal gel?

Una migrazione pari a zero non produce una pendenza dipendente dalle dimensioni e meno di due bande di riferimento visibili non bastano a definire la calibrazione.