Acerca de este experimento
Cargue varias mezclas de fragmentos de ADN en un gel y siga su separación. Use la escalera de tamaños como referencia de medición en lugar de leer las etiquetas ocultas de las muestras. Compare la polaridad, el tiempo de corrida y la concentración del gel; después, examine por qué los fragmentos muy próximos pueden solaparse o salir del gel.
Objetivos de aprendizaje
- Relacione los fragmentos de ADN más pequeños con una migración más lejos hacia delante.
- Estime el tamaño de los fragmentos a partir de una calibración de la escalera de tamaños en escala logarítmica.
- Investigue la polaridad, un tiempo de corrida excesivo y una separación limitada de las bandas.
Cómo usarlo
- 1Cargue el carril seleccionado con tamaños de fragmentos separados por comas y encienda la alimentación.
- 2Realice la corrida durante treinta minutos simulados y compare las bandas de las muestras con la escalera.
- 3Cargue muestras desconocidas, haga clic en una banda de muestra y examine la estimación del tamaño basada en la escalera.
- 4Compare la polaridad invertida, una mayor concentración del gel y una corrida más larga; registre las bandas que salen del gel.
El modelo
Supuestos
- El ADN tiene carga negativa y se desplaza hacia el electrodo positivo. El gel mide 8 cm de largo y los pocillos están a 0,6 cm; el voltaje seleccionado está normalizado respecto a una referencia de 100 V.
- La posición de la banda sigue una relación lineal preestablecida con el log10 del número de pares de bases, el voltaje, el tiempo y la concentración del gel elevada a 0,8. Esta calibración es ilustrativa y no constituye una predicción de un protocolo experimental.
- La dispersión de las bandas es una estimación del ancho gaussiano que aumenta con el tiempo. Las intensidades son marcadores de falso color sin un modelo de masa de ADN. La estimación del tamaño ajusta la posición frente al logaritmo del tamaño usando al menos dos bandas visibles del marcador; se excluyen las bandas fuera del gel y la interpolación se limita al rango visible del marcador.
Pruébalo en clase
- Q1¿Por qué pueden seguir sin resolverse fragmentos de tamaños muy similares pese a tener posiciones exactas diferentes?
- Q2¿Por qué una corrida más larga puede reducir la utilidad del marcador de tamaños?
Preguntas frecuentes
¿Un modelo de IA adivina los tamaños ocultos de las muestras?
No. Una regresión determinista utiliza los tamaños y las posiciones conocidos de las bandas visibles del marcador.
¿Por qué desaparece la estimación del tamaño antes de iniciar la corrida o después de que todas las bandas del marcador salen del gel?
Una migración de cero no produce una pendiente dependiente del tamaño, y menos de dos bandas de referencia visibles no bastan para determinar la calibración.