この実験について
複数のDNA断片混合物をゲルにロードし、その分離の様子を観察します。隠されたサンプルラベルを読み取るのではなく、サイズラダーを測定基準として使用してください。極性、泳動時間、ゲル濃度を比較し、間隔の近い断片が重なったりゲルから流れ出たりする理由を調べます。
学習目標
- 小さいDNA断片ほど遠くまで移動することを確認します。
- 対数サイズラダーの較正から断片サイズを推定します。
- 極性、過度に長い泳動時間、バンド分離の不足について調べます。
使い方
- 1選択したレーンに、カンマ区切りで断片サイズを入力してロードし、電源を入れます。
- 2モデル上の30分間泳動し、サンプルのバンドとラダーを比較します。
- 3未知のサンプルをロードし、サンプルのバンドをクリックして、ラダーに基づくサイズ推定値を確認します。
- 4極性を逆にした場合、ゲル濃度を高くした場合、泳動時間を長くした場合を比較し、ゲルから流れ出るバンドを記録します。
モデル
前提条件
- DNAは負に帯電しており、陽極に向かって移動します。ゲルの長さは8 cmで、ウェルは0.6 cmの位置にあります。選択した電圧は、100 Vを基準として正規化されています。
- バンドの位置は、塩基対数の常用対数、電圧、時間、および0.8乗したゲル濃度との間に定められた線形関係を用いています。この較正は説明用であり、実験プロトコルの予測値ではありません。
- バンド幅は、時間とともに増加するガウス幅の推定値です。強度は、DNA質量モデルに基づかない疑似カラーのマーカーです。サイズの推定では、少なくとも2本の視認可能なラダーバンドの位置と対数サイズの関係をフィッティングします。ゲル外のバンドは除外され、補間は視認可能なラダー範囲内に限定されます。
授業で試してみましょう
- Q1正確な位置が異なるのに、サイズが非常によく似た断片を区別できないことがあるのはなぜですか？
- Q2泳動時間を延ばすと、サイズラダーの有用性が低下することがあるのはなぜですか？
よくある質問
非表示のサンプルサイズはAIモデルが推測しているのですか？
いいえ。既知のサイズと位置がわかっている視認可能なラダーバンドを用いて、決定論的な回帰を行います。
泳動前、またはすべてのラダーバンドがゲルから出た後に、サイズ推定が表示されなくなるのはなぜですか？
移動距離がゼロの場合、サイズに依存する傾きは得られず、可視の参照バンドが2本未満では較正できません。