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Électrophorèse sur gel

LycéeBiologieÉtalonnage illustratif de la migration dans l’agarose selon le logarithme de la taille, avec polarité, étalement des bandes, sortie du gel et régression fondée sur les bandes visibles du marqueur pour estimer la taille

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À propos de cette expérience

Chargez plusieurs mélanges de fragments d’ADN dans un gel et suivez leur séparation. Utilisez l’échelle de tailles comme référence de mesure plutôt que de lire les étiquettes masquées des échantillons. Comparez la polarité, la durée de migration et la concentration du gel, puis examinez pourquoi des fragments très rapprochés peuvent se chevaucher ou sortir du gel.

Objectifs pédagogiques

  • Faites le lien entre les fragments d’ADN plus petits et une migration plus éloignée vers l’avant.
  • Estimez la taille des fragments à partir d’un étalonnage de l’échelle de tailles logarithmique.
  • Étudiez la polarité, une durée de migration excessive et une séparation insuffisante des bandes.

Comment l’utiliser

  1. 1Chargez la piste sélectionnée avec des tailles de fragments séparées par des virgules et mettez sous tension.
  2. 2Effectuez la migration pendant trente minutes simulées et comparez les bandes des échantillons à l’échelle de tailles.
  3. 3Chargez des échantillons inconnus, cliquez sur une bande d’échantillon et examinez l’estimation de taille obtenue à partir de l’échelle.
  4. 4Comparez une polarité inversée, une concentration de gel plus élevée et une migration plus longue ; notez les bandes qui sortent du gel.

Le modèle

Position de migration prescrite en centimètres
Étalonnage inverse à partir de l’échelle visible

Hypothèses

  • L’ADN est chargé négativement et se déplace vers l’électrode positive. Le gel mesure 8 cm de long et les puits se trouvent à 0,6 cm ; la tension sélectionnée est normalisée par rapport à une référence de 100 V.
  • La position de la bande suit une relation linéaire prescrite avec le log10 du nombre de paires de bases, la tension, le temps et la concentration du gel élevée à la puissance 0,8. Cet étalonnage est fourni à titre illustratif et ne constitue pas une prédiction d’un protocole expérimental.
  • L’étalement des bandes est une estimation de la largeur gaussienne qui augmente avec le temps. Les intensités sont des marqueurs en fausses couleurs, sans modèle de masse d’ADN. L’estimation de la taille ajuste la position en fonction du logarithme de la taille à l’aide d’au moins deux bandes visibles de l’échelle ; les bandes hors gel sont exclues et l’interpolation est limitée à la plage visible de l’échelle.

À essayer en classe

  1. Q1Pourquoi des fragments de tailles très proches peuvent-ils rester indiscernables malgré des positions exactes différentes ?
  2. Q2Pourquoi une migration plus longue peut-elle réduire l’utilité de l’échelle de tailles ?

Foire aux questions

Les tailles cachées des échantillons sont-elles devinées par un modèle d’IA ?

Non. Une régression déterministe utilise les tailles et les positions connues des bandes visibles de l’échelle.

Pourquoi l’estimation de la taille disparaît-elle avant la migration ou après que toutes les bandes de l’échelle ont quitté le gel ?

Une migration nulle ne produit aucune pente dépendant de la taille, et moins de deux bandes de référence visibles ne suffisent pas à définir l’étalonnage.