关于此实验
编辑 DNA 上选定的位置，并比较更改前后的精确序列。比对中的空隙可显示插入和缺失，而密码子解码则显示哪些氨基酸序列发生了变化。预设示例可区分同义突变、错义替换、提前终止和移码，但不会声称能够预测蛋白质功能。
学习目标
- 区分碱基替换与插入或缺失。
- 了解插入长度除以三的余数与阅读框是否保持之间的关系。
- 在认识到密码子查询局限性的同时，比较序列层面的类别。
使用方法
- 1应用同义突变示例，比较发生改变的 DNA 与未改变的氨基酸查询结果。
- 2应用错义突变和提前终止示例，检查发生改变的残基和终止位置。
- 3插入一个碱基，并与插入三个碱基的情况进行比较。
- 4选择另一个参考位置，应用编辑，并记录两个序列及其类别。
模型
假设
- 参考序列是一段不含内含子的短编码序列。所有解码都使用第1阅读框和标准遗传密码，并在遇到第一个框内终止密码子时停止。
- 插入的碱基会重复所选符号。删除操作会移除可用碱基，最多达到所选数量。缺口只出现在比对中，不会出现在用于解码的序列中。
- 如果原始ATG起始密码子发生变化，会单独标记。此解码器不会模拟翻译起始、剪接、RNA稳定性、蛋白质折叠、活性或生物体层面的影响。保持阅读框的插入或缺失也可能改变局部密码子或终止信号。
在课堂上试试这个实验
- Q1为什么DNA发生变化，解码得到的氨基酸序列却可能保持不变？
- Q2为什么即使附近的密码子发生变化，增加三个碱基仍能保持下游阅读框？
常见问题
同义编辑是否能保证不会产生任何生物学影响？
不。密码子解码后氨基酸序列未发生变化，并不能体现调控、加工或其他依赖序列的影响。
提前出现终止密码子是否总是意味着该模型预测的就是真实蛋白质？
不。这描述的是在指定解码器下的读框内序列变化，并不代表实际的起始或表达。