Acerca de este experimento
Edite una posición de ADN seleccionada y compare la secuencia exacta antes y después del cambio. Los huecos del alineamiento muestran las inserciones y deleciones, mientras que la decodificación de codones indica qué secuencias de aminoácidos cambian. Los ejemplos predefinidos distinguen los cambios silenciosos, las sustituciones de cambio de sentido, los codones de terminación prematuros y los cambios del marco de lectura, sin pretender predecir la función de la proteína.
Objetivos de aprendizaje
- Distinga una sustitución de base de una inserción o deleción.
- Relacione la longitud de una inserción módulo tres con la conservación del marco de lectura.
- Compare las categorías a nivel de secuencia teniendo en cuenta las limitaciones de la consulta de codones.
Cómo usarlo
- 1Aplique el ejemplo silencioso y compare el ADN alterado con la consulta de aminoácidos sin cambios.
- 2Aplique los ejemplos de cambio de sentido y terminación prematura, e inspeccione los residuos modificados y la posición del codón de terminación.
- 3Inserte una base y compárela con una inserción de tres bases.
- 4Elige una posición de referencia diferente, aplica una modificación y registra ambas secuencias y su categoría.
El modelo
Supuestos
- La referencia es una secuencia codificante corta sin intrones. Toda la decodificación utiliza el marco de lectura uno y el código genético estándar, y se detiene en el primer codón de terminación en ese marco.
- Las bases insertadas repiten el símbolo seleccionado. La eliminación suprime hasta el número seleccionado de bases disponibles. Los huecos aparecen solo en el alineamiento, no en la secuencia utilizada para la decodificación.
- Un inicio ATG original modificado se señala por separado. El decodificador no modela la iniciación, el empalme, la estabilidad del ARN, el plegamiento de proteínas, la actividad ni los efectos a nivel del organismo. Las inserciones o deleciones en fase también pueden alterar codones locales o señales de terminación.
Pruébalo en clase
- Q1¿Por qué un cambio en el ADN puede dejar intacta la cadena de aminoácidos decodificada?
- Q2¿Por qué añadir tres bases conserva el marco de lectura posterior, aunque cambien los codones cercanos?
Preguntas frecuentes
¿Se garantiza que una modificación sinónima no tenga consecuencias biológicas?
No. Los aminoácidos sin cambios, traducidos a partir de los codones, no tienen en cuenta la regulación, el procesamiento ni otros efectos dependientes de la secuencia.
¿Que haya un codón de terminación antes significa siempre que este modelo predice la proteína real?
No. Describe un cambio de secuencia dentro del marco de lectura según el decodificador indicado, no la iniciación ni la expresión reales.