この実験について
5種からなる群集を編集し、すべての個体を確認して、再現可能な有限サンプルを取得します。種数、均等度、シャノン多様度、ジニ＝シンプソン多様度を、さまざまなサンプルサイズで期待される種数と比較します。
学習目標
- 種数と、個体数で重み付けされた多様性を区別します。
- 種別個体数からシャノン指数とジニ＝シンプソン指数を計算します。
- 観測されたサンプルを、厳密な希釈化期待値と比較します。
使い方
- 1群集からサンプルを抽出し、実際に選ばれた個体を確認します。
- 2予定サンプルサイズを変更し、以前のサンプルが固定されたままであることを確認します。
- 3均等な群集と、優占種のいる群集を比較します。
- 4種を1つ削除してから群集を空にし、どの指標が未定義になるか確認してください。
モデル
前提条件
- 同じ種の個体はすべて同等として扱います。標本は、編集後の群集全体から非復元で一様に抽出されます。
- シャノン多様度では自然対数を使用します。ここでのジニ・シンプソン多様度は、群集内の各種の割合を二乗して合計した値を1から引いたものであり、有限標本に対する不偏補正値ではありません。
- 希薄化では、非復元抽出における不在確率を用いて、標本に含まれる種数の正確な期待値を計算します。
- 群集が空の場合、種数は0となり、個体数で重み付けされた多様度は未定義です。個体数が0の種はシャノン多様度に寄与しません。
- 群集内の個体数を変更すると、以前の標本は消去されます。予定標本サイズを変更しても、標本は再抽出されません。各種の個体数は最大100です。優占種を80％にした設定では、その種を編集可能にするため、合計個体数の上限を125としています。
授業で試してみましょう
- Q1種数が同じでも、シャノン多様度が異なる群集はあり得ますか？
- Q2完全な群集には存在する種を、標本が取り逃すことがあるのはなぜですか？
よくある質問
サンプルの種の豊富さが曲線と異なるのはなぜですか？
曲線は、考えられるランダムサンプルの期待値を表します。輪郭で示された個体は、シード値を固定して得られた実際のサンプルです。
空の群集にはシャノン多様度としてゼロが割り当てられますか？
いいえ。種の割合を定義できないため、このインターフェースではその多様度指数を「未定義」と表示します。